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看一看:单细胞测序对生物学和医学的重大影响 [复制链接]

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发表于 2020-3-25 19:44:37 |显示全部楼层

  活组织由多种细胞类型组成。每种细胞类型都有不同的谱系和独特的功能,对组织和器官生物学产生影响,并最终定义机体整体的生物学功能。每个细胞的谱系和发育阶段决定细胞如何对其他细胞以及其天然环境应答。此外,相同类型细胞的亚群之间以及它们与其他细胞类型之间通常具有遗传异质性。最近,科学家们启动了雄心勃勃的人类细胞图谱计划,这是一项国际合作,致力于利用单细胞测序定位人体中的所有细胞类型。?可以说,单细胞测序已成为一种革命性的方法,它以前所未有的分辨率和规模揭示了生物学过程,对生物学和医学产生了重大影响。这样说来,高通量测序的作用不止一点,相反,还有很大的发挥空间。



  单细胞组织测序的主要动力来源于癌症研究,其中细胞谱系和残留疾病的检测至关重要。当前,单细胞方法还用于提升我们对其他复杂生物系统的理解,包括中枢神经系统(CNS)、免疫系统和哺乳动物发育。

  单细胞测序还是鉴定在体外难以培养的机体的有效方法。单细胞测序的发展已提高了对传染性疾病、食源性病原体和肠道环境中微生物多样性的检测和分析。

  新一代测序(NGS)的高度准确性和特异性使其成为单细胞和低水平DNA/RNA测序的理想工具。单细胞技术日益增多,已发布的单细胞技术包括DNA突变、拷贝数变异(CNV)、DNA–蛋白质结合、RNA剪接检测和mRNA表达测定。最近,微流体平台和基于液滴的方法,使得大量单个细胞的mRNA大规模平行测序成为可能。单个细胞的功能在很大程度上取决于其与相邻细胞的相互作用。单细胞测序实验中通常缺少此空间信息,但新的方法和分析算法将单细胞基因表达的测量与组织内的空间定位结合了起来。

  近期临床资料已表明免疫系统功能的治疗性增强可提高癌症预后。阻断细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白-4(CTLA-4)的抗体和程序性死亡受体-1(PD-1)在大量癌症中诱导临床反应,包括黑色素瘤、肺癌、肾癌、膀胱癌和霍奇金淋巴瘤。单细胞测序法使我们有可能更深入地了解免疫细胞和肿瘤细胞之间复杂的相互作用,更彻底地鉴定肿瘤的细胞学生态体系。

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  标题:单细胞测序对生物学和医学的重大影响_Illumina中国官网

  描述:单细胞测序已成为一种革命性的方法,它以前所未有的分辨率和规模揭示了生物学过程,对生物学和医学产生了重大影响。单细胞组织测序的主要动力来源于癌症研究,其中细胞谱系和残留疾病的检测至关重要。当前,单细胞方法还用于提升我们对其他复杂生物系统的理解,包括中枢神经系统(CNS)、免疫系统和哺乳动物发育。

  撰稿2

  关键词:基因分型

  标题:InfiniumXT解决方案--商业基因分型实验室的理想选择

  Infinium基因分型实验分析方法系列产品借助经验证的化学方法和强大的BeadChip平台,可获得出色的数据质量和检出率,并具有高度重现性。InfiniumXT技术建立在这一成功基础之上,并升级至96样本BeadChip,同时优化了Infinium工作流程,可提供Illumina迄今为止最高通量的基因分型解决方案。该产品适用于需要高达50,000个SNP的客户,可对任何物种基于用户定义的内容进行大规模筛选应用。

  InfiniumXT解决方案对用户体验进行了优化,将实验室大规模基因分型研究的通量水平提升至一个新台阶。它简化了定制实验分析设计流程,降低了整体手动操作时间,同时提高了自动化机器人的性能和利用率。如果响应速度比最大每周产出更为重要,那么现在的工作流程提供了一个选项,可降低整体周转时间。此外,在实时数据生成和按需QC报告功能方面,InfiniumXT引入了增强型数据分析软件解决方案,因此可以更早地识别和更正生产问题。

  InfiniumXT解决方案配备一枚96样本BeadChip,可对大量样本进行高效基因分型,每年样本量可从几十万个跃升至超过一百万个。最低可支持几百个SNP,为靶向基因分型应用提供了大规模的解决方案,包括动物亲源、样本追溯性或样本QC。该产品也支持最多50,000个SNP,这在一些关键农业应用中需求广泛,例如二倍体和多倍体生物的基因组选择。人类应用也可以从这项技术中受益,如生物银行、大规模群体筛查和个性化医疗计划。低至中等数量的SNP和较低的成本,使其成为那些需要对大量样本集进行简单质量控制检查的实验室的理想选择。在进行更深入的基因组检测之前,需要进行更彻底的群体分层。InfiniumXTBeadChip的多功能性使其成为具有成本效益的、可靠的解决方案,可在整个工作流程中进行样本QC、跟踪和验证。

  InfiniumXTBeadChip和工作流程,大大增加了基于微阵列芯片基因分型的样本通量。这一全面的综合解决方案,特别适用于农业基因组学大规模基因改良计划,也支持生物库大规模筛选和个性化医疗的举措。InfiniumXT工作流程与全新设计软件相结合,BeadChip容量提升了4倍,样本周转时间缩短了33%,具有更高的定制内容转换率,更好的多物种设计能力,同时对二倍体和多倍体生物数据的分析能力也得到了提升。高通量工作流程联合更低的单样本成本,使得InfiniumXT解决方案成为商业基因分型实验室的理想选择,可以在不牺牲性能和可靠性的同时扩展到工厂级别的通量和效率水平。

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  参考文献:Infinium?XT大规模基因分型解决方案

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